En el sector cordillerano se encuentran carnívoros como los gatos silvestres: la Guiña (Oncifelis guigna) y el Puma o León (Puma concolor); mustélidos: Chingue (Conepatus chingue), Quique (Galicitis cuja), Huillín (Lutra provocax); el Zorro culpeo (Pseudalopex culpeus) y el Zororo chilla (Pseudalopex griseus), pertenecientes a la familia de los canidae. Además se pueden encontrar alimentándose de la vegetación, en zonas pocos accesibles de la alta cordillera, al Pudú (Pudu pudu) y el Huemul (Hipocamelus bisculus). Otros especies de mamíferos que podemos encontrar son los murcielagos: oreja de ratón (Myotis chiloensis), orejudo (Histiotus montanus) y colorado (Lasiurus borealis); roedores: coipo (Myocastor coypus), ratoncito lanudo (Abrothrix longipilis), ratoncito olivaceo (Abrothrix olivaceus), ratón de cola larga (Oligoryzomys longicaudatus)y rata arbórea (Irenomys tarsalis); marsupiales y mamíferos introducidos (el conejo (Oryctogalus cuniculus), liebre (Lepus capensis), ciervo rojo (Cervus elaphus) y jabalí (Sus scrofa)). (Koch, 2000)

Lo más variado de la fauna, debido a la diversidad de hábitats, esta representada por la avifauna. Algunas de las aves tienen como característica y preferencia habitar en:

Bosques: choroy (Enicognathus leptorhychus), carpintero (Campephilus magellanicus), pitio (Colaptes pitius).

Matorrales y bosques: aguilucho (Buteo polyosoma), jote de cabeza negra (coragyps atratus), jote de cabeza roja (Cathartes aura), cóndor (Vultur gryphus), tiuque (Milvango chimango), lechuza (Tyto alba), picaflor chico (Sephanoides galeritus).

Matorrales y praderas: peuco (Parabuteo unicinctus), cernícalo (falco sparverius), queltehue (Vanellus chilensis), dormilona de ceja blanca (Muscisaxicola albilora), gorrión (Passer domesticus).

Litoral de agua dulce: pimpollo (Podiceps rolland), blanquillo (Podiceps occipotalis), huala (Podiceps mayor), garza grande (Casmerodius albus), bandurria (Theristicus caudatus), cisne de cuello negro (Cygnus melancorphus), quetru volador (Tachyeres patachonicus), pato capuchino (Anas versicolor), tagua (Fulica armillata), martín pescador (Ceryle torquata), siete colores (Tachurius rubrigasta).

Litoral marino: caranca (Chloephaga hybrida), pato gargantillo (Anas bahamenis), pipilén negro (Haematopus ater), pitotoy chico (Tringa flavipes), pelicano chileno (Pelecanus thagus), playeros, zarapitos, albatros, petreles gaviotas y gaviotines. (Koch, 2000)

Aparte de las aves asociadas a las aguas saladas del Estuario, se pueden observar lobos marinos (Orden pinnipedia) y, ocasionalmente, grupos de toninas (Orden cetáceos).

La hidrografía fluvial es rica en especies exóticas introducidas, entre ellos se encuentran la trucha arco iris (Salmo gairdneri), trucha de río (Salmo trutta fario), coho (Oncorhynchus keta). Estas especies son de gran valor para el desarrollo de la pesca recreativa, que es una de las actividades turísticas más importantes de la comuna de la zona.

La población marítima autóctona, en cuanto a peces se compone principalmente por congrio (Genypterus spec), robalo (Eleginops maclovinus), y jurel. En cuanto a crustáceos y moluscos se pueden encontrar centolla (Lithodes antarctica), almejas (Ameghinomya antiqua), choritos (Mytilus chilensis) y cholga (Aulacomya ater) entre otros.