En el área ribereña del Estuario y los valles cordilleranos el paisaje, por la intervención de los colonos, se caracteriza por renovales, matorrales y pastizales. En amplias áreas cordilleranas de la comuna la vegetación se encuentra en un estado poco intervenido, por ello es posible encontrar especies leñosas, líquenes y fauna silvestre autóctona.

En la comuna existen tres zonas con tipos de vegetación autóctona:

La zona de bosque pluvial andino de caducos y coníferas del área cordillerana.

La zona de bosque pluvial nor-patagónico en el sector pre-cordillerano costero oriente y sur-oriente del Estuario y,

La zona de bosques húmedos de pre-cordillera andina en el sector pre-cordillerano costero poniente y nor-poniente del Estuario.